Primer Premier

由加拿大Premier公司开发，是一款专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估软件。它具有多种功能，包括引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元查找和同源性分析。该软件界面友好，易于使用，并支持多种生物亚结构的遗传密码规则转换。

Primer3

基于一系列算法，能够自动为给定的基因序列设计出合适的PCR引物。用户只需输入目标序列的DNA或RNA信息，设定一些基本参数，如引物长度、GC含量、退火温度等，Primer3便能快速生成符合要求的引物序列。此外，它还提供了多种引物筛选和评估方法。

InSequence

一款全新的国产引物设计软件，具备简单易用、免费且拥有完全自主知识产权的特点。支持智能读取序列信息，兼容GenBank、Addgene等格式，支持千万数量级的DNA/RNA核酸链，并能高效便捷地修改特征、酶切位点、引物等。软件提供定性和实时荧光定量PCR引物设计功能。

NEBcutter

由NewEnglandBiolabs公司开发的一款在线引物设计软件。除了基本的引物设计功能外，它还能对引物进行限制性酶切位点分析，帮助用户快速找到适合酶切的引物。此外，NEBcutter还提供了详细的PCR引物设计指南和常见问题解答。

FastPCR

一款简洁实用、非常专业的PCR引物设计工具，能够为用户提供全面专业的设施设计，用于分析硅片、PCR集成工具环境、PCR引物或探针设计等。

QuantStudio 5

增强的实时PCR系统数据分析软件，适用于人类身份鉴定。该软件引入了使用用户定义的虚拟标准曲线分析样品数据的能力，还包括定量分析、STR设置功能以及STR数据质量审核功能。

PanelPlex-Consensus

针对病毒、细菌、真菌和寄生虫的共识小组设计，提供自动化的多重PCR设计，具有覆盖率、灵敏度和特异性。该软件已经过严格验证，可用于检测数以千计的病毒、细菌和人类目标。

这些软件各有特点，用户可以根据具体需求和偏好选择合适的工具进行PCR引物的设计和分析。