screenCatch：

这是一款透明GIF制作软件，可以直接捕捉屏幕中的指定区域画面，并录制出一张透明GIF动态图。它还支持导入图片，通过抠图来制作透明的GIF动态图，并接入了百度AI接口，提供了智能化的操作体验。

Photoshop CS：

虽然Photoshop不是专门用于制作GIF的工具，但其强大的图像处理功能可以用来制作透明GIF。具体操作步骤包括：在Photoshop中打开需要处理的图片，将不透明部分删除，然后保存为GIF格式，并确保保存时选择透明背景。

Fireworks：

与Flash一起使用的旧工具，可以通过删除第一帧的黑底和其他帧的黑底来制作透明GIF。

SOOGIF动图制作工具：

这是一款非常易用的gif抠图工具，支持gif编辑、合成、视频转gif、图片转gif、缩放、裁剪等功能。它能够自动识别主体并去除背景，非常适合自媒体、设计师和电商人事使用。

Animate：

这是一款专业的动画制作软件，可以制作透明GIF。操作过程包括在Animate中制作动画，然后导出为PNG序列，最后在Photoshop中合成并设置为透明背景。

Screen To Gif：

这是一款专门录制GIF格式动画的软件，可以设定录制帧速率，框选好区域后即可录制，体积小巧，方便实用。

EximiousSoft GIF Creator：

支持制作gif、swf、avi动画，输出多种格式文件，包括透明图层，适合制作透明GIF。

Advanced GIF Animator：

这是一款工作室常用的gif制作软件，支持生成图片、banner、按钮和动画短片，并支持透明图层创建。

根据你的需求和操作习惯，可以选择上述软件中的任意一款来制作透明GIF。对于简单的GIF制作，SOOGIF动图制作工具和screenCatch是非常不错的选择。对于更专业的需求，可以考虑使用Animate或EximiousSoft GIF Creator。