防止软件被反编译是一个复杂的过程，涉及到多种技术和策略。以下是一些常见的方法：

代码混淆

方法：通过修改代码的命名、结构、逻辑等，使得代码难以阅读和理解。例如，将变量名、函数名替换为无意义的字符，将代码逻辑制造冗余，插入无效代码等。

工具：可以使用如ProGuard、Allatori、Jscrambler等工具进行代码混淆。

使用加固工具

方法：采用第三方提供的加固工具对应用程序进行加密和保护。例如，360加固宝、腾讯乐固等工具可以对Java源文件进行加密，防止被反编译。

资源混淆

方法：对应用程序中的资源文件（如图片、音频、视频等）进行混淆，增加反编译者分析的难度。

开源项目：微信团队已经将资源混淆功能开源，可以在GitHub上查看相关实现。

应用签名

方法：为应用程序添加数字签名，确保应用程序的完整性和真实性。在应用启动时验证签名，如果不匹配则拒绝执行。

注意：签名可以被伪造，因此需要定期更新签名密钥。

修改Native函数名

方法：通过修改Java Native Interface （JNI）中的本地函数名，增加反编译者分析的难度。

注意：这种方法的安全性较弱，可能不是最佳实践。

转换为本地代码

方法：将Java程序中的关键部分转换为本地代码（如C/C++），因为本地代码难以被反编译。

注意：这会牺牲Java的跨平台特性，并增加软件维护和更新的难度。

使用虚拟机保护

方法：通过自定义虚拟机执行加密后的代码，使得反编译者无法得到原始代码逻辑。

工具：例如，网易易盾提供的JAR包加固方案，可以对类的方法进行抽空并加密处理。

隔离Java程序

方法：将关键的Java Class放在服务器端，客户端通过访问服务器的相关接口来获得服务，而不是直接访问Class文件。

注意：这种方法适用于单机运行的程序，对于分布式应用可能不太适用。

对Class文件进行加密

方法：对关键的Class文件进行加密，并在运行时进行解密。

注意：需要确保解密密钥和算法的安全性，防止被破解。

动态代码生成

方法：在运行时动态生成关键代码，而不是在静态的可执行文件中存储。

注意：可能会增加内存压力和垃圾回收的效率问题。

代码混合技术

方法：结合Native代码和P/Invoke调用，隐藏关键代码和算法部分。

工具：例如，使用.NET的代码混淆工具对代码进行混淆，并使用Native AOT编译技术将IL代码编译成本地机器码。

通过综合运用上述方法，可以大大增加软件被反编译的难度，从而提高软件的安全性。然而，需要注意的是，没有绝对的方法可以防止软件被反编译，因此需要根据具体需求选择合适的保护策略。