对于澳洲电脑主机丢失哪个箱子的问题，以下是一些建议：

托运

个人建议：将电脑主机拆开，用衣服包好，然后托运。这样可以减少在旅途中的损坏风险。到达目的地后，可以在当地购买机箱进行组装。

海关规定：电脑主机属于必征税物品，托运时需要注意海关的规定和税率。一体式电脑3000元，电脑主机2000元，税率13%。

使用专业纸箱

海运电脑纸箱：可以考虑使用专业的海运电脑纸箱，这样可以更好地保护电脑主机在运输过程中的安全。

填充物

保护措施：在托运时，可以在电脑主机和行李箱之间添加足够的填充物，如泡沫、气泡膜等，以减少碰撞和损坏的风险。

综合考虑，托运是较为安全和便捷的方式，尤其是对于国际航班。建议将电脑主机拆开，用衣服包好，然后放入坚固的行李箱中，并添加足够的填充物以保护主机。同时，了解并遵守海关规定，确保顺利通关。