VMD（Visual Molecular Dynamics）是一款 分子可视化软件，主要用于 分析和解释由分子动力学模拟生成的大量数据。它支持多种分子模型，包括蛋白质、核酸、小分子等，并能够处理常见的分子结构文件格式，如PDB、MOL、XYZ等。VMD可以在三维空间中显示分子结构，并支持各种渲染方式，如线框模型、晶格模型、全息模型等。此外，VMD还支持制作分子动画，方便研究者进行生物分子的结构分析和模拟。