软件组合通常指的是为了达到特定目的或效果而搭配使用的一组软件。在科学计算和工程领域，软件组合常用于模拟和可视化复杂系统，例如分子动力学模拟和可视化软件组合。

分子动力学模拟软件组合

LAMMPS：适合模拟材料、金属、固体。

GROMACS：适合模拟液体、蛋白、溶液离子。

AMBER：也常用于分子动力学模拟。

可视化软件组合

OVITO：适合金属的后处理可视化。

VMD（Visual Molecular Dynamics）：适合模拟效果的可视化。

PyMOL：一个广泛使用的分子可视化工具。

这些软件组合的选择和使用取决于具体的研究需求和模拟目标。例如，LAMMPS与OVITO搭配可以有效地进行材料模拟和金属后处理的可视化，而GROMACS与VMD的结合则适用于液体、蛋白和溶液离子的模拟可视化。

建议根据具体的研究领域和模拟需求选择合适的软件组合，以达到最佳的模拟和可视化效果。