市面上存在多种用于执行蛋白对接分析的计算机程序，以下是一些常用的蛋白对接软件：

ZDOCK：

基于快速傅里叶变换相关性技术的刚体对接程序，广泛应用于蛋白对接分析。

HADDOCK：

一个基于自由能最小化的蛋白对接方法，适用于刚性及柔性对接。

ClusPro：

通过结合多个对接结果来预测蛋白质复合物的结构。

FlexPepDock：

一个用于柔性肽段与蛋白质对接的工具。

SPARKS-X：

一个支持多种对接算法的蛋白对接软件。

LeDock：

由苏黎世大学Zhao HongTao开发，专为快速准确地将小分子对接到蛋白质而设计。

AutoDock：

一款开源的分子模拟软件，主要应用于配体-蛋白分子对接。

DOCK：

一个用于分子对接和虚拟筛选的程序。

Protein-Protein Docking Benchmark （PPDB）：

一个用于评估蛋白对接算法的数据库。

PatchDock：

一个用于预测蛋白质-蛋白质复合物的软件。

RxDock：

一种快速、通用且开源的程序，用于将配体对接至蛋白质和核酸。

Discovery Studio：

包含蛋白-蛋白对接程序的集成环境。

Schrodinger：

一套用于分子模拟和药物设计的软件，包括蛋白对接功能。

Af2complex：

与COTH类似，用于从序列得到复合物结构。

Spring：

基于模板的蛋白质-蛋白质复合物结构预测算法。

Robetta：

一个用于预测蛋白质复合物结构的网站。

Dockeasy：

国内科研工具箱平台，支持基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白对接分析。

这些软件具有不同的特点和优势，科学家可以根据自己的需求选择合适的工具来进行蛋白对接分析。建议在实际应用中，可以尝试多种软件，并通过交叉验证来评估不同软件的预测结果。