软件公司在工商注册过程中可能遇到的问题主要包括以下几个方面：

企业名称

企业名称必须符合法律规定，不能使用敏感词汇或违反道德规范，也不能与已注册企业重名。

注册资本

注册资本需要符合相关规定，不同地区的最低注册资本标准可能有所不同。

经营范围

经营范围应明确具体，与软件行业相关的具体业务需要在注册时清晰列出。

法定代表人和股东信息

法定代表人和股东信息需提供真实有效。

办公场所

办公场所需要满足相关规定，多数情况下不能注册在居民住宅内。

税务登记

软件企业需要实行税务登记，依照税务法规定缴纳税款。

企业类型

软件企业需要确定其企业类型，如有限责任公司（LLC）、股份有限公司（Ltd.）、合伙企业（Partnership）等。

设立条件

设立有限责任公司应当具备股东符合法定人数、有符合公司章程规定的全体股东认缴的出资额、股东共同制定公司章程、有公司名称及组织机构、有公司住所等条件。

刻章与银行开户

需要到指定刻章机构刻公安备案公章等，并办理银行开户手续。

税务报道

给公司核税种分配专管员，会计带上会计证去税务局报道。

建议在注册软件公司时，详细咨询当地工商和税务部门，确保所有材料和手续都符合法律法规要求，以避免后续麻烦。