绘制PCoA（主坐标分析）图可以使用以下软件：

R语言

使用`ggplot2`包可以绘制PCoA图。首先需要安装并加载`ggplot2`包，然后读取数据文件，并使用`ggplot`函数进行绘图。具体代码示例如下：

```R

library（ggplot2）

data <- read.csv（file = file.choose（）, header = T, sep = ","）

pcoa <- ggplot（data, aes（PC1, PC2）） +

theme_bw（） +

geom_point（aes（color = group2, shape = group2, fill = group2）, stroke = 0.5, size = 5） +

scale_color_manual（values = rep（c（"02B1e6", "20e81d"）, time = 9）） +

scale_fill_manual（values = rep（c（"02B1e6", "20e81d"）, time = 9）） +

scale_shape_manual（values = rep（c（21, 22）, time = 9）） +

theme（axis.text = element_text（colour = "black", size = 12, face = "bold"）,

axis.title = element_text（colour = "black", size = 15, face = "bold"）） +

labs（x = "PC1（25.34%）", y = "PC2（16.17%）"）

```

在线工具

有多个在线工具可以用于绘制PCoA图，例如[CloudTutu](http://www.cloudtutu.com/)和[OmicShare](https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportpca.html)。这些工具通常提供用户友好的界面，允许用户上传数据并直接生成PCoA图。

建议

R语言：适合需要高度定制化和复杂图形展示的研究者，因为它提供了强大的绘图功能和灵活性。

在线工具：适合快速生成图形，不需要安装软件，适合没有R语言基础的用户。

根据你的具体需求和熟练程度，可以选择最适合你的工具来绘制PCoA图。