公司联盟可以使用的软件主要有以下几种：

企业联盟：

这是一款企业办公服务软件，提供多种管理方法，支持交易数据统计，实时了解中小型企业发展情况。它还可以作为供应链金融服务平台，帮助中小企业解决融资难题。

联盟营销软件：

这类软件用于创建和维护联盟计划，自动化、简化和集中联盟营销活动的端到端操作，并帮助跟踪计划的成功情况。

CJ：

CJ是全球联盟营销领域的领先者之一，提供合作招募、数据分析和支付处理等多维度的支持，并为企业提供专业的咨询和技术服务。

Webgains：

其核心产品Discovery Tool是一体化的自动化平台，包括招募、咨询、佣金制定、流量追踪等功能，为企业销售增长提供重要助力。

ShareASale：

在北美地区，ShareASale拥有广泛的合作伙伴网络，提供功能强大且易于使用的工具，帮助卖家轻松管理合作伙伴、跟踪销售和优化推广策略。

Awin（之前叫Affiliate Window）：这是一个热门的联盟营销平台，拥有超过2万个商家，提供广泛的联盟项目。

这些软件各有特点，可以根据公司的具体需求和资源选择合适的工具来进行联盟营销和管理。