软件销售收入的退税流程如下：

确认企业资质与产品登记

确保企业已完成税务登记，并具备相关资质。

在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。

会计核算与凭证保留

按照税法规定，对符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。

增值税纳税申报

在增值税纳税申报表主表的“即征即退项目”板块，准确填列软件销售涉及的销售额、销项税额、进项税额等关键数据。

准备退税申请材料

准备退（抵）税申请审批表、退税申请报告等必备材料，确保资料格式规范、内容详实。

线上申请与进度追踪

登录电子税务局，进入“退（抵）税管理”模块，提交退税申请，并查询退税进度。

审核与退税

税务机关收到申请后，进行资料审核和实地核查，审核通过后发放退税凭证，并退还相应税款。

税额计算

软件产品即征即退税额的计算公式为：

\[ \text{即征即退税额} = \text{当期软件产品销售额} \times 13\% - \text{当期软件产品可抵扣进项税额} - \text{当期软件产品销售额} \times 3\% \]

嵌入式软件产品的即征即退税额计算公式为：

\[ \text{即征即退税额} = \text{当期嵌入式软件产品销售额} \times 13\% - \text{当期嵌入式软件产品可抵扣进项税额} - \text{当期嵌入式软件产品销售额} \times 3\% \]

其中，当期嵌入式软件产品销售额的计算方法为：

\[ \text{当期嵌入式软件产品销售额} = \text{当期嵌入式软件产品与计算机硬件、机器设备销售额合计} - \text{当期计算机硬件、机器设备销售额} \]

计算机硬件、机器设备销售额按特定方式计算确定，组成计税价格 = 计算机硬件、机器设备成本 × （1 + 10%）。

注意事项

确保所有开票要素完整，包括销货单位、商品名称、型号、金额等信息。

发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。

对于嵌入式软件产品，需要分别核算软件部分和硬件部分的销售额，并按规定计算退税金额。

通过以上步骤和注意事项，软件企业可以有效地进行退税操作，减轻税务负担。