软件企业退税的申报流程如下：

税务登记与资质获取

确保企业已按照国家规定完成税务登记，并取得相关资质。

软件产品登记与认定

在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。

销售收入核算与凭证保留

按照税法规定，将符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。

退税申请提交

在年度所得税汇算清缴时，向税务部门提交退税申请，并提供必要的退税申请材料。

提交退税申请书及相关证明材料，如财务凭证、纳税申报表等。

税务机关审核

税务机关会对企业提交的材料进行审核，确认其符合退税政策要求。

审核通过后，企业需填写退税申请表，列明退税金额及其他相关信息。

税务机关再次复核企业填写的退税申请表及相关材料。

退税款项支付

复核通过后，税务机关会将退税款项支付到企业指定账户。

备案与资料准备

在进行软件产品增值税即征即退优惠登记备案时，准备相关资料到税务窗口办理备案手续，包括税务资格备案表、软件著作权登记证书、软件产品检测报告等。

在申报增值税后，向税政科预约递交退税资料，并准备《退税申请报告》、《退抵税申请审批表》等相关资料到办税大厅办理退税申请。

后续管理与跟进

退税到账后，企业应做好财务记录，并随时与税务机关沟通解决可能出现的问题。

建议

确保材料真实完整：在准备退税申请材料时，务必保证材料的真实性与完整性，避免因资料问题导致退税申请被拒。

及时跟进审核进度：提交申报后，要实时关注审核进度，如有需要补充资料的情况，及时响应。

注意发票开具方式：在销售嵌入式软件产品时，选择合适的发票开具方式，以简化退税操作。

明确软硬件核算及进项税额分摊：在成本核算中，企业应明确区分软硬件部分，并进行合理的进项税额分摊，确保税务处理的准确性。

通过遵循以上步骤和建议，软件企业可以有效地进行退税操作，减轻税务负担。