软件公司在面临侵权指控时，可以采取以下取证方式：

远程查询并公证

使用远程查询技术（如Telnet命令）探测远程计算机服务器上的软件使用情况，并进行公证。这种方式在司法实践中被认可，例如在奥托恩姆公司与上海富远公司的案件中，法院依据公证的远程查询结果认定被告网站使用了涉案软件。

招聘广告

通过分析侵权公司的招聘广告，初步锁定打击目标。如果招聘广告中明确要求掌握特定软件（如Photoshop），这可以作为“商业使用”的证据提交，部分法院认可其证明力。

可信时间戳技术

利用专业的电子取证平台（如联合信任平台或权利卫士App）在软件发布、更新等关键节点生成可信时间戳。这种数字签证形式的时间戳能够有效记录软件的关键时刻，为产权取证提供支持。

电子证据平台

使用电子证据平台（如联合信任平台）获取互联网上的各种电子数据，包括网页、图片、视频、电子邮件和软件代码等，以作为法律调查、诉讼或其他法律程序中的证据。这些平台还提供时间戳服务，确保证据的时间记录可信。

录屏取证

通过录屏取证操作，在虚拟计算机环境中采集互联网上的各种电子数据。这种方法可以有效地采集图片、网页内容、聊天记录、电子商务交易、音视频文件以及软件代码等不同场景中的信息。

市场调查和用户反馈

通过对市场的调查、用户的反馈等方式，了解是否存在侵权行为，并确定侵权的范围和程度。

证据保全机构

选择专业的证据保全机构，配合其进行取证。这些机构利用区块链等先进技术，能够确保证据的真实性、完整性和不可篡改性。

技术取证

利用专业软件分析工具对涉嫌侵权的计算机系统进行深入分析，包括软件指纹分析、系统日志审查、注册表检查、内存镜像分析和网络流量分析等，以确定是否存在未经授权的软件使用。

第三方审计工具

使用第三方软件审计工具，这些工具具备自动化的检测和报告功能，能够快速识别出未经授权的软件使用情况。

申请证据保全

在收集到足够的电子证据后，向法院申请证据保全。法院根据申请，采取查封、扣押相关设备、复制软件代码等措施，对侵权证据进行固定。

在取证过程中，软件公司应确保遵循相关法律法规，避免侵犯用户的隐私权和数据保护法规，并且妥善保管收集到的数据，以备法律诉讼时使用。