软件企业申请高新技术企业认定的流程如下：

组织建立申报工作领导小组

由科技部门负责人担任组长，负责协调整个企业申报活动的组织、督促，依据相关规定根据企业自主发展计划来分配资源。

筹备申报材料

根据《高新技术企业认定管理办法》等相关法律法规，做好材料的准备。

收集公司的经营数据，充分说明公司在技术创新、技术开发、技术服务、经营业绩、社会效益等方面的成果，以及公司的技术、管理、服务体系等。

准备有关申请单位的法律文书、专利证书、行政许可证等证明文件。

财务考核及实地考察

完善财务考核，检验公司技术创新情况、发明专利、产品市场占有率、软件产品经营情况等。

开展实地考察，从客观材料、一致性、可信度以及实地考查等方面考察高新技术企业的实际情况。

向政府提出申报

经营者需要准备一份申报书报请政府提出申请，开展高新技术企业的审查和认定程序。

网上申报

企业需通过高新技术企业认定管理工作网进行网上注册，并上传相应材料。

初审与评审

提交后，地方科技主管部门会对申请材料进行初审，通过后进入专家评审阶段。

公示与认定

评审通过后，企业的认证信息将进行公示，无异议后即可获得高新技术企业认定证书。

颁发证书

省高企认定机构统一印制并颁发高企证书。

建议企业在申请过程中，确保所有材料的真实性和完整性，并严格按照相关流程操作，以提高申报成功的几率。