在iPad上进行跨软件批注，可以采用以下几种方法：

使用内置的截图和Pencil工具

从屏幕左下角向内划动进行截屏，直接进入截屏界面。

使用Apple Pencil直接在截屏上批注，然后可以通过左上角的“复制并删除”功能粘贴到其他笔记软件中。

使用第三方应用

分秒帧：这是一款免费的协作效率工具，支持在iPad屏幕截图上进行批注。你可以在iPad的网页端打开分秒帧，添加图片后进入批注详情页面，使用画笔工具和箭头工具进行批注操作。

GoodNotes、 Notability或 Adobe Acrobat Reader：这些第三方应用提供了更为灵活的批注功能，可以在文档中绘图、添加标注和注释，甚至进行手写批注。你可以将文件导入这些应用中进行批注，然后保存或分享。

使用特定应用的内置批注功能

腾讯会议：在腾讯会议中，你可以通过打开设置，进入安全选项，然后开启互动批注功能，从而在iPad版上进行批注。

Numbers：在iPad上的Numbers表格中，你可以给文本、对象、图表、表格单元格和工作表添加批注。轻点“添加批注”，键入批注内容，然后轻点“完成”即可。

使用云服务

CAJ云阅读：你可以将CAJ格式的论文转换为PDF格式，然后在GoodNotes或其他支持PDF的应用程序中进行批注。这种方法适合喜欢使用GoodNotes或Notability的用户，但转换文件稍显麻烦。

建议

对于简单批注：使用内置的截图和Pencil工具或第三方应用如分秒帧，适合快速批注和分享。

对于复杂批注：建议使用GoodNotes、Notability等专业的笔记应用，它们提供了丰富的批注工具和功能，适合需要详细记录和编辑的用户。

对于需要多设备同步的用户：可以考虑使用云服务如iCloud或第三方云服务，确保文件在不同设备间的同步和批注。