软件企业办理开票的流程一般包括以下几个步骤：

税务登记

在税务局官网注册并认证成为增值税一般纳税人。

购买发票

持IC卡和发票准购证去税务局办理，购买回来后，将IC卡插入读卡器中，读入到防伪税控开票软件中。

开具发票

将IC卡插入读卡器，然后进入开票系统中进行开具发票的操作。选择发票类型（如增值税专用发票或增值税普通发票），填写相关信息（如纳税人名称、纳税人识别号、地址电话、开户行及账号、软件名称、版本、数量、单价及金额等），并计算税额。

发票认证

进项发票的认证，持发票的抵扣联去税务局进行认证。

抄税

月末终了，根据当地税务规定的抄税时限，将本月已经开具使用的发票信息抄入到IC卡中，然后打印出纸质报表并加盖公章，持IC卡和报表去税务局大厅进行抄税。

报税

待财务决算做完后，进行纳税申报表的填写、审核、报税的操作，报完税后，进行申报表的打印，包括主表和附表。

发票开具原则

根据实际开发进度开具发票，前期开发按进度开票，开发完成后开具运维发票。

使用开票系统

企业可以通过税务局指定的电子发票开票系统进行开票，包括发票开具、发票打印、发票上传等功能。

审核与录入

财务部门审核发票，并将发票信息录入财务系统。

发票打印与记录

打印发票并签收，收票方将发票信息记录在财务系统中，用于税务票据整理、核销，以及税收报表的汇总分析。

建议企业在办理开票过程中，确保所有步骤和操作都符合当地税务法规，并及时完成各项手续，以保证开票流程的顺利进行和合规性。