软件确认版权的方法如下：

文档记录

保留完整的软件文档和代码修改记录，包括设计文档、用户手册、开发日记等。这些文档记录了软件的整个开发过程和修改历史，是证明软件著作权归属的重要手段。

合作开发协议

在软件开发过程中，合作开发者之间应签订明确的合作开发协议。协议中应明确约定各方的贡献、权益和著作权归属，以确保各方的权益得到保障。

源代码署名

在源代码中标注自己的名字、联系方式等信息，以证明自己是该软件的原始著作权人。源代码中的署名信息应当真实有效，并且应当在软件开发过程中及时更新。

软件登记

通过在国家版权局进行软件登记，可以获得国家法律保护，证明自己是软件的原始著作权人。在进行软件登记时，需要提供完整的申请材料，包括源代码、设计文档、用户手册等。

第三方认证

在某些情况下，第三方认证也可以证明软件的著作权归属。例如，一些知名的开源软件项目可以通过开源许可证的方式证明自己是软件的原始著作权人。

合同管理与保密措施

在软件开发过程中，企业应与开发人员签订保密协议，确保源代码和设计文档的安全。此外，企业还应制定合同管理策略，明确软件著作权的归属和行使权。

及时登记著作权

企业应在软件开发完成后，尽早进行软件著作权登记。著作权登记不仅能为企业提供法律保护，还可以在发生纠纷时作为有力的法律证据。著作权登记程序相对简便，企业可以通过中国版权保护中心等机构进行登记。

通过以上方法，软件开发者可以有效地确认和保护自己的软件版权。