软件申请发明专利的流程如下：

准备申请材料

填写软件著作权申请表格。

提供软件设计说明书。

提供源代码文件。

提交申请书、营业执照副本、承诺书等相关文件。

软件测试

准备测试评价委托申请表、用户手册、软件设计说明书、安装程序（光盘）等资料。

提交给专门负责计算机软件测评的重点实验室进行测试，并支付测试费用。

等待测试报告。

软件产品登记

在线填写申请书，并附上营业执照副本、组织机构代码证、软件测试报告、著作权证书等材料。

提交给所在地区的软件产品登记机构进行审核，并支付相关费用。

审核通过后，领取软件产品登记证书。

申请发明专利

确保软件具有足够的创新性，并搜索相关专利以确定其独特性。

编写专利申请书，包含发明的具体描述、技术特点及权利要求。

提交专利申请书及申请费至专利局。

等待专利局的形式和实质审查。

通过审查后，办理登记手续，获得专利证书；若未通过，可选择复审或放弃。

建议

咨询专业人士：在申请发明专利前，建议咨询专利代理机构或专业人士，以确保申请过程顺利且有效。

详细资料准备：在技术交底阶段，提供详尽的技术资料，以便代理机构准确理解并构建申请方案。

专利查询：在申请前进行专利查询，避免与在先申请的专利权利相同或相近，确保所申请的专利是有效的。

通过以上步骤，可以有效地申请软件发明专利，保护软件的创新性和知识产权。