制作U盘启动盘时，推荐的分区格式主要有三种：FAT32、NTFS和ExFAT。具体选择哪种格式，可以根据你的使用需求和设备兼容性来决定。

FAT32格式

优点：广泛的兼容性，适用于各种操作系统和设备，包括Windows、macOS和Linux。单个文件大小限制为4GB，适合存储小文件。

缺点：不支持单文件大于4GB，且对闪存芯片的读写操作较多，可能会影响U盘寿命。

NTFS格式

优点：支持任意大小的U盘，适合存储大文件，具有错误预警、磁盘自我修复和日志功能，适合高容量硬盘。在Windows 2000以上的操作系统中表现最佳。

缺点：对闪存芯片的读写操作较多，可能会影响U盘寿命。

ExFAT格式

优点：专为闪存和U盘设计，支持4GB以上的大文件，兼容Windows、Linux和macOS，适合存储大型文件。

缺点：兼容性相对较差，需要在操作系统中安装补丁才能支持。

建议

如果需要存储大型文件（如系统镜像）或进行权限控制，建议选择NTFS格式。

如果需要跨平台使用或兼容老设备（如只能USB-ZIP引导的设备），建议选择FAT32格式。

如果需要支持4GB以上的大文件且不介意兼容性问题，建议选择ExFAT格式。

根据你的具体需求选择合适的格式，可以确保U盘启动盘的最佳性能和兼容性。