电脑桌面上的程序文件通常 存储在C盘。桌面是计算机系统的一部分，而系统的盘符一般是C盘。桌面上的文件在系统中也有一个对应的文件家存在，其位置在`C:\Documents and Settings\用户名\桌面`。因此，无论是通过文件资源管理器直接查看，还是通过文件右键属性了解文件位置，都可以确认桌面上的程序文件主要保存在C盘。

尽管有些程序可能将快捷方式放置在桌面上，但实际程序文件通常安装在C盘或其他非系统盘。如果需要将桌面上的文件或程序移动到其他盘符，可以通过更改文件路径或剪切粘贴到其他盘符来实现。

总结来说， 电脑桌面上的程序文件主要存储在C盘，而快捷方式可能只是指向这些实际程序文件的链接，存放在桌面上。