图像配准软件有以下几种：

Elastix

类型：命令行程序

特点：用于图像配准，开发始于2003年，目的是方便配准研究。提供了高度的灵活性和控制性，用户可以根据需要选择不同的参数和组件来实现配准。基于ITK（Insight Segmentation and Registration Toolkit）框架。

ANTS （Advanced Normalization Tools）

类型：基于C语言的医学图像处理软件

特点：支持2D和3D图片，包括Nifti （.nii, .nii.gz）和Analyze （.hdr + .）格式。速度较快，广泛应用于医学图像处理。

根据您的具体需求（例如，医学图像配准或一般图像处理），您可以选择Elastix或ANTS。Elastix更侧重于医学图像配准，而ANTS则是一个功能全面的医学图像处理工具。