二代序列拼装软件包括以下几种：

Velvet

Velvet是最早的用于二代测序的序列拼接工具，发布于2007年，基于kmer的序列拼接原理。

SOAPdenovo

SOAPdenovo是另一个基于kmer的序列拼接工具，效果被认为比Velvet好。

Abyss

Abyss也是一个基于kmer的序列拼接工具，适用于二代测序数据。

MaSuRCA

MaSuRCA是一个混合组装工具，适用于二代和三代混合组装，也可以仅用于二代数据。

Chromas Pro

Chromas Pro是一款适合小片段测序拼接的软件，可以自动显示含糊不清的序列并进行编辑，生成限制位点和片段图。

Contig Express

Contig Express是Vector NTI的组件之一，可以将多个PCR测序片段自动寻找公共序列并进行拼接。

Mira

Mira是一个生物信息学序列拼接软件，支持序列清洗和拼接。

SeqAssem

SeqAssem是一款包含序列组装、跟踪文件、数据、曲线、电泳图等多种功能的DNA序列组装软件。

Trinity

Trinity是一个流行的RNA-Seq de novo转录组组装工具，适用于从RNA测序数据中构建基因表达。

这些软件各有特点，可以根据具体需求和数据类型选择合适的工具进行序列拼接。