南开论文查重的软件选择如下：

本科：

使用 万方查重系统。

硕士：

使用 知网查重系统。

专科：

使用 paperpass查重系统。

建议根据具体论文类型和所在学校的要求选择合适的查重工具。如果学校指定了使用某个系统，则应优先使用学校指定的系统。