计算机软件主要通过以下几种方式保护：

著作权保护

根据《著作权法》，计算机软件自作品完成之时自动产生，著作权保护的范围包括计算机程序（源程序和目标程序）及其相关文档（如程序设计说明书、流程图、用户手册等）。

著作权保护的是创意的表达，而不包括创意本身。这意味着软件开发者可以保护其程序代码和文档，但无法阻止他人学习、研究或在此基础上开发新的软件。

商标权保护

计算机软件可以作为商标进行保护，以区分不同的商品或服务。商标可以是文字、图形、数字等组合形成的可视化标识，主要显示于软件包装上，以表明软件的质量、数量及可信度。

专利权保护

计算机软件的专利保护主要适用于涉及计算机程序的发明，即软件背后的创意和技术。这包括程序设计方案、处理问题的方法、各项有关技术信息等。与著作权不同，专利保护具有独占性，审查难度大且周期较长。

可以申请的专利类型包括发明专利、实用新型专利和外观设计专利。例如，软件流程图中展现的逻辑流程、系统架构、步骤方法等可以申请发明专利；软件在前端展示的UI界面设计结合终端设备如手机、电脑，可以申请外观设计专利。

商业秘密法保护

在软件开发过程中，权利人可以通过采取技术保护措施和与相关研发人员签订保密协议等方式来保护其商业秘密，防止技术泄露。

建议

著作权保护是计算机软件最常用的保护方式，适用于大多数软件产品。

商标权保护有助于区分软件品牌，提升市场竞争力。

专利权保护适用于技术含量高、具有创新性的软件，但需要满足较高的申请条件和审查标准。

商业秘密保护适用于需要严格保密的技术和开发过程。

综合考虑，软件开发者应根据自身软件的特点和需求，选择合适的保护方式，以最大限度地保护其知识产权。