医院软件科的工作主要包括以下几个方面：

软件运行管理

负责医院信息系统（HIS）的运行管理，处理解决系统运行中遇到的软件问题。

负责软件的日常维护和升级，确保软件的正常工作。

权限管理

做好应用软件的各项权限设置工作，防止他人越权登录访问，确保应用数据安全可靠。

硬件与软件维护

协助硬件维护人员及时排除工作站点硬件故障。

负责项目、低值医用耗材的维护工作。

网络与信息管理

负责全院计算机网络建设及维护工作，制定和落实医院计算机网络与信息管理的有关规定和制度。

收集、加工、传输、贮存和检索医院管理信息，为医院各部门提供可靠的信息反馈。

软件开发与维护

根据医院建设和发展的需求，协助院领导制定医院信息化建设的中长期规划和年度工作计划，并具体实施。

负责医院计算机的应用管理、软件开发，利用计算机进行医保病人医疗管理，建立个人账户，为医保管理提供配套服务。

信息审核与网站维护

审核各附属医院、门诊部申请上传的有关信息，确保上网信息准确、及时和安全。

负责学校医院管理处网站的具体设计和建设，以及网站的发展和维护工作。

项目管理

在医院信息化领导工作小组的指导下，提交医院信息化建设的中长期规划予领导小组审定。

主持项目技术方案、实施计划的论证，协调解决项目建设中的重大技术难点或实施难点。

编制与具体项目相适应的实施计划，制订项目实施进度表，并负责项目的现场实施，确保项目如期完成并最大限度地满足医院的需求。

综上所述，医院软件科的工作涉及信息系统的运行管理、软件维护、硬件故障排除、网络与信息管理、软件开发与维护、信息审核与网站维护以及项目管理等多个方面，旨在确保医院信息系统的稳定运行和高效服务。