在视频剪辑中，常用的文件格式包括：

MP4：

由于其良好的兼容性和优秀的画质，MP4是剪辑中非常常见的格式。Adobe Premiere、Final Cut Pro、EDIUS等软件都支持输出MP4格式。

AVI：

虽然画质高清，但文件体积较大，适用于对视频质量有较高要求的场合。Adobe Premiere、Final Cut Pro等软件支持输出AVI格式。

MOV：

作为苹果公司的“亲儿子”，MOV格式在Mac系统上剪辑非常顺手，也被许多专业剪辑师所青睐。Adobe Premiere和Final Cut Pro均支持输出MOV格式。

FLV：

这种格式在网络上较为常见，但兼容性一般，较少用于专业剪辑。不过，Adobe Premiere等软件支持输出FLV格式。

WMV：

作为微软公司的“亲闺女”，WMV格式在Windows系统上剪辑表现不错。Adobe Premiere等软件支持输出WMV格式。

H.264：

这是一种视频编码格式，通常用于输出高质量的MP4文件。Adobe Premiere等软件支持输出H.264编码的MP4格式。

MPEG：

这是一种较旧的视频编码格式，仍被一些软件支持，但在现代剪辑中已较少使用。

DVCPRO HD：

通过FireWire接口获取的格式，适用于专业视频制作。Final Cut Pro支持输入和输出DVCPRO HD格式。

RMVB、3GP：

这些格式多用于移动端和某些特定场合，兼容性有限。爱剪辑等软件支持这些格式。

建议

对于大多数专业剪辑师和普通人而言，MP4格式是最常用且兼容性最好的选择。

如果你主要使用Mac系统，并且追求高画质和较好的兼容性，MOV格式是一个很好的选择。

对于需要高质量且体积较小的视频，H.264编码的MP4格式是理想选择。

对于网络发布和移动设备，FLV和WMV也是可以考虑的格式，尽管它们的兼容性相对较差。

根据具体需求和使用的剪辑软件，可以选择最合适的视频格式进行输出和编辑。