细胞周期分析可以使用以下软件：

ModFitLT

由美国Verity Software House公司设计，专门用于流式细胞术中的细胞周期分析。

通过对DNA含量直方图进行曲线拟合，快速计算出细胞周期各时相细胞的含量、G1/S/G2+M细胞的百分比，并测量肿瘤细胞的DNA指数及凋亡细胞亚二倍体所占的比例。

FlowJo

是流式细胞分析的领先平台，提供免疫表型、细胞周期分析、增殖、动力学研究、定量群体比较、高维分析等功能。

DNASTAR_Lasergene.v7.1

包括EditSeq、MapDraw、SeqMan、GeneQuest、PrimerSelect、Megalign、Protean等应用程序，虽然主要用于DNA序列分析，但其强大的序列编辑和比较功能也可辅助细胞周期相关数据的处理。

Odyssey Western blot

由Li-cor公司推出，用于Western blot数据分析，虽然主要用于蛋白质分析，但其图像分析系统也可用于细胞周期相关数据的可视化。

细胞周期虚拟仿真软件

支持酵母死活计数、流式细胞仪测试细胞周期、流式细胞仪测试细胞凋亡等复杂实验，提供便捷高效的实验手段。

PI染色原理及数据分析软件

通过测量细胞核荧光强度来分析细胞周期，通常与流式细胞仪结合使用，通过软件分析数据得到细胞周期各阶段的百分比。

根据具体需求和实验条件，可以选择上述软件中的任意一种或多种来进行细胞周期分析。ModFitLT和FlowJo是专门用于细胞周期分析的工具，而DNASTAR和Odyssey则更适合于DNA和蛋白质分析。细胞周期虚拟仿真软件则为没有实际设备的科研人员提供了模拟实验的可能。