软件公司的成本分配通常遵循以下原则和方法：

直接成本归集

对于各部门直接发生的成本费用，如领用的办公用品、员工工资等，直接归集到相应部门。

共同承担费用分配

对于房租、水电管理费、电话费、清洁费等共同承担的费用，按合计总工时分配到各部门。

购入的固定资产折旧，如果能确认所属部门，则直接归集到相应部门；如果不能确定，则按相关享受部门的本月合计工时进行分配。

购入的达不到固定资产入帐标准的支出，如图书报刊软件等，如果能确认享用部门，则归集于相应部门；不能确定的，则先归集入辅助部门，再统一进行分配。

辅助部门成本分配

辅助部门发生成本费用的分配标准，采取按某直接生产部门本月工时数占所有直接生产部门工时合计数的比例进行分配。

项目成本分配

某项目本月的成本数，按该项目本月发生的工时总数占各项目合计工时总数进行分配，算出该项目本月发生的成本。

其他成本分配

软件生产的成本还包括人力资源成本、硬件和软件资源成本、项目管理成本、维护和支持成本、质量保证成本等。这些成本需要根据各自的性质和关联性进行分配。

材料成本，如软件工具的订阅费用、技术服务费用等，可以按项目占用时间的比例进行分配，确保每个项目能合理承担其应有的材料成本。

制造费用，包括办公场地租金、设备折旧、水电费、管理人员薪酬等，通常不直接归属某一特定项目，需要通过合理的分配方法进行归集，如按照项目所占员工工时的比例、项目的预算额度等进行分摊。

通过以上方法，软件公司能够更准确地核算每个项目的成本，从而更好地进行项目管理和财务决策。