在电影行业中，制作变形金刚特效主要使用了以下几款软件：

Houdini：

由Side Effects Software公司开发，广泛应用于影视特效制作，尤其是复杂的特效和动画制作。《变形金刚》系列电影中就使用了Houdini来制作特效。

Autodesk Maya：

同样由Autodesk公司开发，是一款高端三维动画软件，广泛应用于影视模型、角色动画、电影特技和次世代游戏模型制作。《变形金刚》系列电影中大量使用了Maya进行特效制作。

3ds Max：

也是Autodesk公司开发的三维动画和渲染软件，广泛应用于广告、影视、工业设计等领域。虽然《变形金刚》可能未使用3ds Max，但它在许多其他影视和广告项目中得到了广泛应用。

Adobe After Effects （AE）：

一款图形视频处理软件，用于动态影像设计，包括特效合成和后期制作。《变形金刚》电影中使用了AE进行特效合成。

Nuke：

由The Foundry公司开发，是一款数码节点式的合成软件，广泛应用于影视特效和后期合成。《变形金刚》系列电影中也有Nuke的参与。

FantaMorph Deluxe：

一款实时创立变形特效影片的软件，适用于影视制作和创意领域，能够快速处理图像和视频，适合普通用户快速创作变形特效。

Faceu激萌：

一款美颜相机软件，提供了变形金刚的特效贴纸，用户可以通过手机拍摄并添加这些特效到视频或照片中。

PIL （Python Imaging Library）：

一个Python图像处理库，可以通过编程实现各种图像特效，包括类似于变形金刚的变形效果。

这些软件在变形金刚特效的制作中发挥了重要作用，不同的软件在特效制作的不同阶段各有优势。建议根据具体需求和制作水平选择合适的软件进行学习和应用。