日本画动画主要使用的软件有以下几种：

RETAS

由日本CELSYS株式会社开发，是一套应用于普通PC和苹果机的专业二维动画制作系统。

广泛应用于电影、电视、游戏、光盘等多种领域。

提供了绘画、线拍、扫描与描线、上色、合成和特殊效果等功能。

Toon Boom Harmony

由加拿大Toon Boom公司出品，是一款专业动画软件。

包含多个功能模块，如Stage、Paint、XSheet、Scan、Play、Control Center等。

是终极矢量动画软件，适用于连续项目的角色动画师。

Adobe Photoshop

由Adobe Systems开发和发行，是一款图像处理软件。

主要用于处理以像素所构成的数字图像，适用于图片编辑工作。

Painter

是一款仿自然绘画软件，拥有全面和逼真的仿自然画笔。

适合数码艺术家、插画画家及摄影师使用，能够复制自然媒质效果。

3D Studio Max

由Autodesk公司开发，是一款三维动画制作和建模软件。

适用于制作三维动画和特效。

CLIP STUDIO PAINT

是一款专门用于漫画和动画绘制的软件，提供了多种绘图工具和功能。

万彩动画大师

是一款简单易用的动画制作软件，适合入门级用户。

提供海量精美模板和动画元素，支持一键套用模板和多种动画创作方式。

Anime Studio

适合中级动画制作，提供基本的手绘和骨骼动画功能，支持复杂的动画控制、特效、过渡和场景设计。

TVPaint Animation

是一款高级的2D动画制作工具，提供基于笔刷的手绘工具、复杂的颜色调整和3D摄像机跟踪等功能。

这些软件各有特点，根据不同的动画制作需求和技能水平，可以选择合适的软件进行创作。