小说软件的劣势主要包括以下几点：

作者收益偏低：

免费小说软件普遍存在的问题是作者收益较低，因为付费阅读功能缺失，导致作者失去了一个重要的收益来源。

广告干扰：

许多小说软件在用户未完全登录或网速低时会出现广告，影响用户体验。

功能不丰富或过于复杂：

部分小说软件功能不够丰富，如GGbook和百阅，或者功能设置过于复杂，导致用户使用时容易误操作。

书源质量和排版问题：

不同书源可能导致排版和错字替换不一致，影响阅读体验。此外，一些软件的书城界面轮播图推荐换书功能过快，用户难以在有限时间内理解推荐的书籍信息。

自动阅读和内容获取限制：

部分功能如自动阅读、听书等需要开通VIP才能使用，限制了部分用户的体验。

平台准入门槛低，审核标准模糊：

网络小说平台准入门槛低，审核标准模糊不清，导致作品质量参差不齐。

阅读体验不一致：

由于不同小说软件可能使用不同的书源，用户在不同软件间切换时可能会遇到阅读体验不一致的问题，如断更、书源质量不一等。

综上所述，小说软件在用户体验、作者收益、功能设置等方面存在一些劣势，用户在选择和使用时应综合考虑这些因素。