筛选蛋白的软件和方法有多种，可以根据具体需求和实验条件选择合适的工具。以下是几种常用的蛋白筛选软件：

Capture-SELEX技术

描述：这是一种自动化筛选蛋白质适配体的方法，通过Capture-SELEX技术可以筛选出与特定蛋白结合的适配体，避免了蛋白固定可能带来的活性改变和结构变化。

Mascot

描述：Mascot是一款经典的蛋白鉴定软件，支持多种检索算法，包括2D-PAGE + MALDI的Peptide Mass Fingerprint （PMF）、LC-MS或复杂MALDI的MS/MS Ion Search，以及Sequence Query功能进行分子量和碎片离子信息联合搜库。虽然它是商业软件且收费，但其高准确性和广泛的数据库支持使其在大规模蛋白组搜索中非常有用。

MaxQuant

描述：MaxQuant是一款免费的蛋白质组学软件，支持多种质谱仪厂商产生的原始数据格式，具备标记定量和非标定量功能，并内置了强大的Andromeda搜索引擎。MaxQuant广泛应用于蛋白鉴定和定量分析，具有高准确性和完整的数据分析界面。

Hmmer

描述：Hmmer软件使用hmmsearch功能，通过已知的蛋白结构域模型检索数据库中的蛋白质，适用于从大量蛋白质中筛选出符合特定结构域的蛋白。

Blastp

描述：Blastp是一款基于BLAST算法的蛋白比对软件，通过比对数据库中的蛋白质序列，筛选出包含特定序列的蛋白。

SignalP

描述：SignalP用于预测氨基酸序列中是否存在信号肽剪切位点，适用于原核生物和真核生物的信号肽预测。

TMHMM

描述：TMHMM用于预测蛋白质的跨膜结构，帮助识别定位于膜的蛋白或离子通道蛋白。

ProtParam

描述：ProtParam是一个在线工具，用于计算蛋白质的分子量、理论等电点、氨基酸组成等基本信息。

Image-ProPlus、QuantityOne、ImageJ

描述：这些软件用于蛋白灰度分析，适用于实验中观察和定量蛋白的表达水平。

根据您的具体需求（例如，筛选特定蛋白、大规模蛋白组分析、信号肽预测等），您可以选择上述软件中的适当工具进行蛋白筛选和分析。