DEGseq是一款 R语言中用于差异表达分析的包，广泛应用于RNA-Seq数据分析。它通过样品之间RNA-seq外显子计数实验设计来发现外显子的差异。与DESeq2和edgeR类似，DEGseq也用于识别在不同条件下基因表达差异，但在实现方法、统计模型和使用方式上可能存在一些差异。对于无重复的样品，建议使用DEGseq进行分析；而对于有重复的样品，则建议使用DESeq或edgeR，但在特殊情况下也可以考虑使用edgeR。