制作双层PDF的软件有以下几种：

Adobe Acrobat DC：

这是一款由Adobe公司推出的PDF专业软件，具备强大的PDF创建、编辑、共享和签名功能。用户可以将各种文件转换为高质量PDF，直接在PDF中编辑文本和图像，以及在任何设备上安全地签署和共享文档。

UPDF：

这是一款支持双层PDF编辑的软件，提供了丰富的工具和功能，能够满足不同用户的编辑需求。

Foxit PhantomPDF：

这也是一款支持双层PDF编辑的软件，具有强大的功能和易用性。

福昕高级PDF编辑器：

这款软件支持双层PDF功能，可以将两个或多个PDF文件叠加在一起，便于查看和比较不同版本的文档。它还具有各种高级编辑功能，如添加注释、划线、高亮、添加图像等。

双层PDFmaker：

这是一款双层PDF生成专用工具，用户只需将Word文件拖入软件内，即可直接生成双层PDF文件。该软件绿色安全，无需安装。

根据你的需求和操作习惯，可以选择以上提到的任意一款软件来制作双层PDF文件。如果你需要更高级的功能和更广泛的兼容性，Adobe Acrobat DC和福昕高级PDF编辑器是不错的选择。如果你希望快速生成双层PDF文件且操作简便，双层PDFmaker和UPDF可能更适合你。